プラスミドを体に組み込むと使用者のDNAが瞬時に書き換えられ、身の回りの存在に様々な影響を及ぼすことができるようになります。あるプラスミドは人を炎に包み込み、あるプラスミドは物体を凍りつかせるなど効果は様々で、プラスミドを使用するためのエネルギー(EVE)は EVE注入器によって補充します。EVEがなくなるとプラスミドも使用できなくなるため、注入器を探し出すか購入する必要があります。
自分の意思によって幽霊になれるという非常にユニークなプラスミド。「ゴースト」状態では敵から見えなくなり、プラスミドで攻撃できます(ただし銃は使えません)。つまり、スプライサーたちを偵察して不意打ちで殺したり、やっかいなタレットを一時的に無力化できるのです。ただし肉体は同じ場所にずっと残っているので、前進するためには肉体へ戻らなければなりません。
前作で"ビッグダディ催眠"というプラスミドがありましたが、同じアイデアのプラスミドです。違いは少ないエネルギー消費量で通常のスプライサーに作用する点。チャージすることで威力が増し、怒れるスプライサーをより長い間支配できます。ただし永久に支配できるわけではなく、5分程度で効果が切れるので、新たな親友を素早く片付けましょう。
床に竜巻の罠を設置し、その上を通った敵を空中高く巻き上げて叩き落すプラスミド。レベル2になればサイクロントラップと他の攻撃プラスミドを組み合わせられます。例えばサイクロントラップを出して、そこへインフェルノを撃ち込むことができます。トラップを踏んだら、空中に吹き飛ばされると"同時"に燃え上がります。
電撃を放ち、敵を痺れさせて動きを止めるプラスミド。水中に放てば、そこにいる敵全員を感電させることが出来ます。レベル2にパワーアップさせれば、チャージして解放することで、近くにいる敵全てにチェインライトニングを引き起こすことが可能です。
敵を炎に包み込み、徐々にダメージを与えるプラスミド。床にオイルがこぼれていれば絶好のチャンス。オイルに火を放ち、敵を一網打尽にしましょう。レベル2にパワーアップさせれば、チャージして解放することでグループ全体を炎に包みこむ“ファイアボム(火炎爆弾)"攻撃を繰り出せます。
敵を凍らせて動きを止めるプラスミド。レベル2にパワーアップさせてチャージして解放することでより強力な攻撃を繰り出せるようになります。攻撃を受けた敵はただ凍りつくのではなく氷の塊になります。その塊はテレキネシスで持ち上げて飛ばすこともできます。ドリルで殴れば一撃で粉々にしてしまいます。
マルチプレイでのみ使用でき、猛スピードで移動ができるようになります。キャプチャー・ザ・シスターモードでリトルシスターを捕まえた後など、急いで逃げたい時に有効な手段となります。また、そのまま敵に突撃すれば大ダメージを与えることも可能です。